La mayoría de los abscesos o fístulas anales se diagnostican y se tratan de acuerdo con los hallazgos clínicos. De vez en cuando, los estudios de imagen como la ecografía, tomografía computarizada o resonancia magnética pueden ayudar en el diagnóstico y tratamiento de abscesos profundos y pueden ser utilizados para visualizar el túnel de la fístula.

La cirugía es casi siempre necesaria para el tratamiento de una fístula anal. En muchos pacientes, si la fístula no es demasiado profunda, se realiza una fistulotomía.